Dự toán ngân sách nhà nước là giai đoạn khởi đầu của quy trình ngân sách. Đây là cơ sở pháp lý cho quản lý điều hành thu, chi ngân sách; là nguồn thông tin cần thiết cho việc xây dựng, điều chỉnh các chính sách tài chính, kinh tế; tạo cơ sở cho việc đề xuất hay thay đổi chính sách, chế độ tài chính hiện hành. Ngoài ra, việc xác định đúng và đầy đủ các khoản dự toán thu, chi là căn cứ để QH, HĐND giám sát ngân sách hiệu quả, cũng như tạo điều kiện cho các cấp ngân sách hoàn thành các chỉ tiêu kinh tế - xã hội. Tuy nhiên, hệ thống tài liệu để phục vụ xây dựng, xem xét dự toán ngân sách khá lớn, mang tính nghiệp vụ cao, đòi hỏi phải được kiểm tra, xem xét kỹ bằng kiến thức chuyên môn. Trong khi đó, 500 ĐBQH hay đại biểu HĐND  không phải ai cũng có thể hiểu rõ, phát hiện những vấn đề từ mỗi con số, hệ thống bảng biểu do Chính phủ, UBND tỉnh, thành phố trình. Vì thế, công tác thẩm tra, xem xét dự toán ngân sách thường phụ thuộc vào cơ quan phụ trách về lĩnh vực này của QH và các Ban của HĐND. Song, với hạn chế về con người, cơ sở vật chất, cũng như cơ chế huy động sự tham gia của chuyên gia, xã hội, nên hoạt động này vẫn còn nhiều hạn chế. Như phản ánh của Trưởng Ban Kinh tế và Ngân sách HĐND tỉnh Hải Dương Hoàng Văn Bảo là đại biểu HĐND thường không thảo luận sâu về dự toán ngân sách, thậm chí phần lớn nhất trí với dự toán, hoặc nếu có cũng chỉ là những yêu cầu lợi ích của ngành mình, địa phương mình. Tính tích cực của đại biểu trong quyết định ngân sách bị hạn chế.

Trong khi đó, nguồn lực ngân sách nhà nước đòi hỏi phải được phân bổ để đáp ứng những mục tiêu đã đề ra, hạn chế tình trạng lạm dụng trong việc phân bổ ngân sách. Vì vậy, đại diện các cơ quan của QH, HĐND các tỉnh, thành phố tham dự Hội thảo Kiểm toán Nhà nước hỗ trợ QH, HĐND quyết định dự toán ngân sách hàng năm đều bày tỏ mong muốn có một cơ quan chuyên môn, độc lập, có kiến thức và nghiệp vụ đánh giá toàn bộ diễn biến của quá trình lập dự toán theo chuẩn mực nghề nghiệp. Kiểm tra trước để bảo đảm các nguồn lực được động viên và phân bổ vào những mục tiêu  quốc gia theo đuổi, cũng như tính kinh tế, hiệu lực, hiệu quả của các khoản chi ngân sách; tránh được những sai sót và gian lận ngay từ khi lập và phân bổ dự toán... Đồng thời, một định chế độc lập tham gia vào quá trình quyết định dự toán đã được nhiều quốc gia trên thế giới áp dụng để ngân sách Nhà nước lành mạnh, công khai, minh bạch hơn. Trong tuyên bố Lima về kiểm tra tài chính công của Tổ chức Quốc tế các cơ quan kiểm toán tối cao (INTOSAI) chỉ rõ, kiểm toán trước một cách có hiệu quả là điều không thể thiếu đối với một nền kinh tế công cộng lành mạnh với tư cách là một nền kinh tế thác quản.

Trên thực tế, Luật Ngân sách Nhà nước và Luật Kiểm toán Nhà nước đều có quy định về sự tham gia của Kiểm toán Nhà nước trong quá trình quyết định dự toán ngân sách hàng năm của QH, HĐND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Tuy nhiên, đối với ngân sách nhà nước, ý kiến của Kiểm toán Nhà nước về công tác lập và giao dự toán trong các năm qua gần như chỉ dừng lại ở mức dự báo về các sai sót, bất cập có thể xảy ra của quá trình này. Kiểm toán Nhà nước chưa có những kiến nghị xác đáng, cụ thể về việc nên tăng, giảm dự toán thu, chi ngân sách ở bộ, ngành này hay tại địa phương kia nhằm làm cho dự toán ngân sách có chất lượng cao hơn; chưa có ý kiến về việc nên hay không triển khai và phân bổ dự toán cho những dự án quan trọng của quốc gia... Và sự phối hợp giữa Kiểm toán Nhà nước và HĐND lại chưa được mặn mà như lẽ ra nó phải thế, dù nhiều tỉnh, thành phố đã ký thỏa thuận hợp tác với Kiểm toán Nhà nước tại các khu vực.

Tình trạng này xảy ra là do việc tham gia của Kiểm toán Nhà nước vào quá trình lập và giao dự toán chỉ trong thời gian ngắn và ở vòng đầu của quá trình xây dựng. Do đặc thù này nên số đơn vị thuộc Kiểm toán Nhà nước tham gia bị hạn chế; ý kiến của Kiểm toán viên được cử tham gia cũng chỉ về những dấu hiệu được thể hiện rõ trên báo cáo. Nhiều nội dung chưa rõ khác có thể dẫn đến sai sót cho dự toán như biên chế được giao cho từng cơ quan, khu vực, các khoản tăng, giảm bất thường trong dự toán… đều không đủ thời gian để xem xét. Và cũng không có cơ chế bổ sung ý kiến, nên rời khỏi cuộc họp kiểm toán viên sẽ khó tiếp tục góp ý kiến dù phát hiện thêm những sai sót trong báo cáo dự toán. Bên cạnh đó, do chưa có hướng dẫn cụ thể về quy trình, thủ tục trong việc tập hợp, tổng hợp nhu cầu kiểm toán nhà nước của các tỉnh, thành phố dẫn đến tình trạng lúng túng, bị động trước các Đoàn Kiểm toán Nhà nước ở nhiều địa phương. Đó là chưa kể trường hợp nhu cầu kiểm toán nhà nước của các địa phương quá lớn so với khả năng thực tế của hệ thống tổ chức Kiểm toán Nhà nước. Sự phối hợp giữa Đoàn Kiểm toán Nhà nước và HĐND địa phương trong khâu tổ chức thực hiện các quyết định kiểm toán còn mang tính hình thức. Hơn nữa, việc sử dụng các kết quả kiểm toán đối với các đơn vị được kiểm toán còn hạn chế do độ trễ về tính thời sự giữa thông tin kết quả kiểm toán với thông tin lập dự toán so với quy trình ngân sách nhà nước, giữa niên độ ngân sách được kiểm toán với niên độ ngân sách lập dự toán. 

Phó tổng Kiểm toán Nhà nước Lê Hoàng Quân cho biết, Kiểm toán Nhà nước đang tổ chức nghiên cứu quy trình thẩm định dự toán ngân sách để tham mưu, hỗ trợ tích cực cho QH, HĐND. Quy trình này theo hướng gắn kết quả kiểm toán, hệ thống thông tin thu thập được với quá trình thẩm định dự toán đối với đơn vị dự toán. Khi thực hiện nhiệm vụ thẩm định dự toán, cần bố trí kiểm toán viên có năng lực, khả năng phân tích, dự báo và tổng hợp để tham gia thẩm định dự toán ngân sách nhà nước; gắn việc tham gia ý kiến về dự toán ngân sách nhà nước với việc thu thập thông tin phục vụ kiểm toán sau này. Đồng thời, tăng cường số lượng và tổ chức đào tạo đội ngũ kiểm toán viên có năng lực để thực hiện kiểm toán dự toán ngân sách hàng năm. Đây là nỗ lực của Kiểm toán Nhà nước để xây dựng quy trình lập và giao dự toán hoàn thiện, góp phần tạo ra một hệ thống kiểm soát nội bộ chặt chẽ, có tính hiệu lực cao. Và có như vậy thì quy định của pháp luật mới được triển khai đầy đủ, góp phần thể hiện rõ hơn vai trò hỗ trợ, tham mưu của Kiểm toán Nhà nước với QH, HĐND, các cơ quan của QH, Ban của HĐND và Chính phủ, UBND tỉnh, thành phố.

Kiểm toán Nhà nước là công cụ kiểm tra tài chính của Nhà nước và là một trong những yếu tố quan trọng góp phần bảo đảm tính thực quyền của QH, HĐND trong các quyết định kinh tế, tài chính và ngân sách. Vì vậy, cần hoàn thiện các quy định pháp luật về trách nhiệm, quyền hạn và mối quan hệ công tác của Kiểm toán Nhà nước trong việc tham gia thẩm định, trình ý kiến với QH về dự toán ngân sách nhà nước. Và xác lập rõ mối quan hệ giữa Kiểm toán Nhà nước và HĐND, quy định cụ thể trách nhiệm và nội dung phối hợp của từng bên trong suốt quá trình Kiểm toán Nhà nước làm việc tại địa phương và hướng dẫn cho HĐND quy trình, cách thức sử dụng báo cáo kiểm toán nhà nước phục vụ công tác thẩm tra, giám sát kinh tế - xã hội và ngân sách.

Mối quan hệ giữa QH, HĐND và Kiểm toán Nhà nước chặt chẽ hơn góp phần nâng cao tính thực quyền của QH, HĐND trong các quyết định kinh tế, tài chính và ngân sách.