Hiện nay, sông Nghèn là nơi tiếp nhận của nhiều nguồn thải khác nhau như nước thải sinh hoạt của các cụm dân cư, chợ, các cơ sở sản xuất, kinh doanh, nước thải của các trang trại chăn nuôi, chất thải từ hoạt động nông nghiệp như rơm rạ, thuốc bảo vệ thực vật, hoạt động nuôi cá lồng bè, nước thải của các bải tập kết rác… đặc biệt hiện tượng bèo tây phát triển mạnh dọc tuyến sông Nghèn gây ách tắc dòng chảy, ô nhiễm môi trường, ảnh hưởng đến sinh trưởng, phát triển của các loại thủy sinh.

Đến nay, tỉnh, địa phương đã thực hiện một số giải pháp xử lý ô nhiễm môi trường các nguồn đổ thải ra sông Nghèn như:

- Xây dựng hệ thống xử lý nước thải chợ Nghèn với công suất xử lý 30m ³ nước thải/ngày đêm, đã đưa vào sử dụng năm 2019.

- Xây dựng hệ thống thu gom, xử lý nước thải sinh hoạt cho cụm dân cư thôn Tân Hương, xã Tùng Lộc, đã bàn giao và đưa vào sử dụng nằm 2019.

- Đầu tư xây dựng nhà máy xử lý rác thải sinh hoạt huyện Can Lộc, công suất 40 tấn/ngày nhằm xử lý rác thải sinh hoạt cho toàn bộ rác thải phát sinh trên địa bàn huyện, đồng thời tận tận được chất thải hữu cơ làm phân vi sinh bón cho cây trồng, hạn chế phát sinh nước rỉ rác, tận dụng được các loại rác thải có thể tái chế, tái sử dụng. - Chỉ đạo UBND các xã, thị trấn dọc trên tuyến sông Nghèn thường xuyên theo dõi, kiểm tra các nguồn thải có khả năng ảnh hưởng đến nguồn nước sông Nghèn; đồng thời tuyên truyền, hướng dẫn, yêu cầu người dân trên địa bàn thực hiện tốt công tác bảo vệ môi trường, nghiêm cấm vứt các loại rác thải hoặc xả nước thải chưa qua xử lý xuống sông Nghèn gây ảnh hưởng đến chất lượng nguồn nước. Đối với các trường hợp không chấp hành nghiêm túc, gây ô nhiễm nguồn nước sông Nghèn thì có biện pháp xử lý nghiêm theo quy định.

- Tăng cường kiểm tra các cơ sở sản xuất, kinh doanh có nguồn thải ra sông Nghèn thực hiện nghiêm túc các quy định về bảo vệ môi trường, xử lý nước thải, chất thải rắn theo đúng quy định, xử lý nghiêm các cơ sở vi phạm gây ô nhiễm môi trường.

- Ủy ban nhân dân các xã, thị trấn dọc tuyến sông Nghèn thường xuyên vớt bèo tây nhằm ngăn chặn bèo tây phát triển gây ảnh hưởng đến dòng chảy, hạn chế phát triển của các loại thủy sản và gây ô nhiễm môi trường. Đồng thời tuyên truyền người dân không được vứt rơm rạ, bao gói thuốc bảo vệ thực vật xuống sông Nghèn gây ô nhiễm môi trường.

Tiếp thu ý kiến, kiến nghị của cử tri, UBND tỉnh tiếp tục chỉ đạo Sở Tài nguyên và Môi trường, UBND huyện Can Lộc và các địa phương liên quan tăng cường thực hiện đồng bộ các giải pháp để bảo vệ nguồn nước Sông Nghèn.